称念寺は室町時代末期、今井町（重要伝統的建造物群保存地区）の中核となった寺院です。
中世期末の時代から、本願寺の証如上人 蓮如上人の末子実従、さらに顕如上人らの高僧が投宿されています。
また明治10年には明治天皇が投宿したおり、西南の役の勃発をここ称念寺で知らされたと伝えられています。
このように称念寺は浄土真宗寺院の貴重な遺構であり、歴史上でも重要な役割を果たしてまいりました。